中心坚持“质量第一” 和“公正、科学、实事求是”的质量方针，在工作中坚持做到科学、公正、高效益，特别注重检测能力的提高，以保证检测数据的正确可靠。根据ISO/IEC17025和ISO/IEC导则25《校准和检验实验室能力的通用要求》和计量认证有关要求，制定了较完善的实验室质量控制体系，并组织中心全体人员认真学习，使中心每一个人，做每一件事都严格按照质量管理体系的要求，做到“讲程序、讲依据、讲证据”，同时通过内部评审、管理评审等一系列活动，对不合格项进行认真及时的纠正、改进，这些活动大大提高了中心的检验能力和质量管理水平。
    根据南通市编办发[2001]77号文件，我中心主要工作职责是
1、承担农业行政主管部门及产品质量监督管理部门指定的农产品质量抽查检验和优质产品的鉴定检验；
2、受农业行政主管部门或有关部门的委托，对实施产品登记、证书管理和质量认证的农产品进行检验，以及对重要新产品、新品种投产和科研成果鉴定检验；
3、参与农产品国家标准、行业标准的制定、修订并承担有关标准的试验验证工作；
4、接受农产品生产者、经营者或消费者的委托，对农产品质量进行检测。